A história gira em torno de habilidades especiais que ocorrem entre um pequeno percentual de meninos e meninas na puberdade. Yuu Otosaka usa seu poder sem os outros saberem, e vive uma vida escolar bastante normal. Perante ele, de repente, aparece uma menina, Nao Tomori. Devido ao seu encontro com ela, o destino dos usuários de poderes especiais será exposto.